1960년대 이후 산업화에 따른 농기계 보급, 운송수단 발달로 인한 활용도 저하로 1980년대 중반에 1,300여 마리로 감소함에 따라, 제주마의 멸종방지를 위하여‘제주마 혈통정립 및 보존에 관한 학술연구 용역(1985년)’을 실시하였고, 연구용역 결과에 따라 순수혈통으로 인정된 제주마 64마리(암말 55, 수말 9)를 국가지정문화재 천연기념물 제347호‘제주의 제주마’로 지정(1986.2.8)하여 보호구역(6필지·133ha)에서 보존관리하고 있으며, 적정 사육두수(150마리) 초과 마필에 대해서는 문화재 지정해제 후 공개경매를 통해 도내 사육 희망자에게 분양하고 있다.

천연기념물‘제주의 제주마’는 보호구역 내에서 영주십경의 하나인 고수목마(古藪牧馬)를 재현하며 연간 30만 명 이상의 내방객들에게 볼거리를 제공하고, 겨울철에는 제주마 방목풍경 관람과 더불어 눈썰매 이용객들에게 즐길거리를 제공하면서 가장 제주다운 관광명소로 자리잡고 있다.