제주마는 다양한 모색(毛色, Coat)을 가지고 있다.

경주마인 더러브렛종(Thoroughbred)은 오랫동안 경주능력이 우수한 말들만 번식에 이용되어 모색이 갈색과 흑색 계통으로 단순해졌지만, 제주마는 특정 경제형질(경주 용, 승용 등)을 개량할 목적으로 인위적인 교배가 오랫동안 진행되지 않아 가라, 청총, 적다, 월라, 유마, 총마, 공골마, 고라,부루 등 10가지 이상 다양하게 나타나고 있다.

갓 태어난 망아지의 모색은 일반적으로 총마, 적다, 유마 및 월라 등 흑색과 갈색계통으로 단조로운 모색을 보이나, 이듬해 털갈이 후에는 10여 가지 이상의 본연의 모색을 나타낸다. 또한, 총마(흑색)계통의 마필들은 나이듦에 따라 백총으로 변하기도 한다.