제주마는 이른 봄부터 여름철(3월∼7월)까지 짝짓기를 하고 다음 해 봄과 여름에 망아지를 낳으며, 임신기간은 평균 335일이다.

망아지를 낳은 어미 말은 보통 9∼10개월까지 약 5∼6개월간 망아지에게 포유한다.

암말은 대부분 4세 때 처음 망아지를 낳기 시작하고 평균 20세까지 망아지를 분만하지만 건강상태, 사육환경이 좋은 경우 40세까지 망아지를 낳은 기록도 있다.

수말은 일반적으로 5세∼15세까지 번식에 활용되고 있다. 태어난 망아지는 일반적으로만 5세가 되면 성장·발육(체고 ; 수말 125∼128cm, 암말 118∼125cm, 체중 270∼300kg)이 완료된다.

체계적인 혈통관리를 위하여 제주특별자치도 축산진흥원에서는 태어난 망아지에 개체식별용 마이크로칩을 주입하고, 아비마, 어미마, 망아지 삼자간 유전자분석을 실시하여 친자확인 후 등록하고 있으며, 혈통 정보는 인터넷(http://jejuhorse.jeju.go.kr)으로 제공하고 있다.